18 września 1939 r. wojska hitlerowskie zajęły Lublin. Zaczęła się trwająca blisko 5 lat okupacja niemiecka. Tuż po zajęciu Polski działalność okupanta dotycząca dóbr kultury nie była uregulowana, a kompetencje poszczególnych służb cywilnych czy policyjnych pozostawały nieustalone. Panowało generalne przekonanie, że są to dobra bezpańskie, którymi można dowolnie dysponować, więc grabił je kto chciał i mógł – pojedynczy funkcjonariusze, jak i całe formacje SS czy SD, policji (Gestapo, Sipo). W rękach SD znalazły się np. akta Urzędu Wojewódzkiego, Związku Legionistów, Związku Rezerwistów. Fachowy zarząd nad archiwami w okupowanej Polsce (Archiverwaltung) powołano wprawdzie w końcu października 1939 r., lecz zapowiedziany wcześniej niemiecki kierownik lubelskiego Archiwum (Staatsarchiv Lublin) w osobie dra Rolanda Seeberga-Elverfeldta przybył dopiero 26 lutego 1940 r. Do tego momentu za całość Archiwum przed władzami niemieckimi odpowiadał dotychczasowy dyrektor prof. Leon Białkowski. Seeberg-Elverfeldt sprawował swój urząd, jak i równocześnie funkcję kierownika jednoosobowego Urzędu Archiwalnego (Archivamt) w strukturach Urzędu Szefa Dystryktu Lubelskiego do 25 maja 1943 r. Kolejnym kierownikiem był, do końca okupacji, dr Rudolf Fitz.
W grudniu 1939 r. Niemcy bezceremonialnie wyrzucili Archiwum z lokalu przy placu Litewskim. Akta zwieziono do magazynów przy ul. Narutowicza 4 w ciężkich zimowych warunkach. Po tej „przeprowadzce” trzeba było wszystko na nowo usystematyzować i zinwentaryzować. Nie mając w dostatecznej liczbie własnego fachowego personelu, okupant zdecydował się na dalsze zatrudnienie polskich archiwistów, jednakże pozbawionych wszelkich możliwości decyzyjnych. Oprócz Białkowskiego w Archiwum pracowali: dr Władysław Adamczyk, mgr Mirosława Zakrzewska (od stycznia 1940 r. do 31 sierpnia 1943 r.), mgr Maria Stankowa (od maja 1942 r.), mgr Zofia Kramarzówna zaangażowana (od jesieni 1943 r.) na miejsce M. Zakrzewskiej. Po pobycie w więzieniu na lubelskim zamku w charakterze zakładnika (do 19 kwietnia 1940 r.) powrócił do Archiwum również prof. Aleksander Kossowski. Wszyscy zmuszeni byli do złożenia deklaracji lojalności wobec władz okupacyjnych.
Archiwum zostało zamknięte dla Polaków i odtąd miało służyć potrzebom władz i badaczy niemieckich. Wyjątek zrobiono dla kwerend służbowych. Głównym zadaniem postawionym archiwom w GG przez niemiecki zarząd było wybranie materiałów przeznaczonych do wywiezienia do Rzeszy i rejestracja materiałów do dziejów „niemieckości” (Deutschtum). Chodziło o to, aby wykazać szczególny niemiecki „wpływ cywilizacyjny” w polskiej przeszłości. Tak więc w latach 1940-1942 wywieziono do Wiednia, Poznania, Bydgoszczy i Gdańska-Oliwy 12 skrzyń akt. Kwerendę materiałów dotyczących Niemców i Rzeszy Niemieckiej prowadzono we wszystkich zespołach archiwalnych. Pierwszy „Wykaz źródeł do dziejów niemieckości w Lublinie i na ziemi lubelskiej” był gotowy na jesieni 1940 r. Wykaz ten uzupełniono do jesieni 1943 r. W 1941 r. w czasopiśmie „Das Gouvernement” ukazał się artykuł Seeberga-Elverfedta o znaczeniu lubelskiego Archiwum dla niemieckich „badań Wschodu” (Das Staatsarchiv Lublin). W 1942 r. prof. Białkowski wyjeżdżał do Zwierzyńca ze swoim niemieckim zwierzchnikiem, gdyż Niemcy zainteresowani byli zawartością archiwum Ordynacji Zamojskiej. Seeberg-Everfeldt zlecił Białkowskiemu wyszukanie informacji o niemieckich osadnikach z XIX w. i napisanie referatu o historii tego magnackiego archiwum. Kopie wykazów znalezionych materiałów były rozsyłane do niemieckich archiwów i służyły „uczynieniu archiwów GG pożytecznymi dla niemieckich badań naukowych”.
Archiwiści polscy wykorzystywani byli poza tym przez różne niemieckie władze i instytucje. Urząd Archiwalny przekazał np. służbie bezpieczeństwa referat A. Kossowskiego dotyczący sekt na Lubelszczyźnie, za który autor otrzymał honorarium. Kossowskiego nie poinformowano jednak, kto był odbiorcą pracy. W grudniu 1943 r. Adamczyk i Kossowski opracowali referaty nt. dziejów szkolnictwa na Lubelszczyźnie dla SS-Sturmbahnführera Sommergrubera, kierownika Zakładu Badawczego Osadnictwa na Wschodzie w Lublinie. Prawdopodobnie nie mieli innego wyboru, a Adamczyk nie wiedział, że jego referat przeznaczony był do księgi pamiątkowej Odilona Globocnika, b. dowódcy SS i Policji. M. Stankowa od maja 1942 r. do czerwca 1944 r. przeprowadziła kwerendę nt. stosunków handlowych Śląska ze Wschodem w średniowieczu dla Komisji Historycznej Śląska jako stypendystka tej instytucji. Prof. Białkowski w 1942 r. asystował Erwinowi Hoffowi, członkowi SS i historykowi Instytutu Niemieckiej Pracy Wschodniej (autorowi m.in. pracy Lublins Gründungshandfesten zu deutschem Recht 1317/1342), podczas kwerendy do pracy o lokacjach miast na prawie niemieckim. Później polecił mu swoją studentkę Z. Kramarzównę do zrobienia wypisów do dziejów Niemców w średniowiecznym Lublinie. M. Zakrzewska wykonywała odpisy z duplikatów ksiąg metrykalnych gminy ewangelickiej w Lublinie dla Urzędu do spraw Genealogicznych (Sippenstelle) w Krakowie. To tylko niektóre przykłady.
Oprócz tych ważnych dla niemieckiego „dzieła odbudowy” przedsięwzięć archiwiści polscy wykonywali prace, które wykonywaliby i w czasie niewojennym, tzn. przejmowali akta, porządkowali je i inwentaryzowali. Obdarzeni pewnym kredytem zaufania byli wysyłani w teren, gdzie samodzielnie przejmowali m.in. akta byłych polskich starostw powiatowych, archiwalia cechowe i kościelne. Gdy latem 1941 r., po agresji na ZSSR, Seeberg-Elverfeldt zabezpieczał archiwa na Wołyniu, w podróż służbową do Łucka, Równego i Dubna udał się z Adamczykiem. Potem zlecił Adamczykowi, Białkowskiemu i Kossowskiemu opracowanie studiów na rzecz przyłączenia Wołynia do GG. W kolejnej podróży Seebergowi-Elverfeldtowi towarzyszył jego zastępca Fitz i seminarzysta Adamczyka, student Stanisław Rodziński. Ten ostatni samodzielnie przygotowywał do transportu do Warszawy odnalezione na Wołyniu akta polskich Ministerstw: Sprawiedliwości i Poczty. W ramach nadzoru nad narastającym zasobem archiwalnym np. Adamczyk wygłosił w czerwcu 1942 r. referat dla wójtów i sekretarzy gmin powiatu lubelskiego na temat przechowywania i brakowania akt.
Akta trafiały do Archiwum również w związku z prowadzonymi przez Niemców akcjami eksterminacyjnymi i wysiedleńczymi. Przejmowanie żydowskich archiwów (gmin wyznaniowych i Judenratów) rozpoczęto już w marcu 1941 r. Po likwidacji w 1942 r. dzielnicy żydowskiej w Lublinie i getta na Majdanie Tatarskim przejęto akta lubelskiej Rady Żydowskiej i rejestry stanu cywilnego. Inwentaryzację archiwaliów powierzono M. Zakrzewskiej. Zimą 1942/43 r. prowadzono akcję zabezpieczania żydowskich archiwaliów w porozumieniu z władzami powiatowymi w całym dystrykcie. Podczas akcji wysiedleńczej ludności polskiej na Zamojszczyźnie (1942-1944), która objęła blisko 300 wsi, zabezpieczano akta z wysiedlanych miejscowości „dla niemieckich badań i administracji”.
Na uwagę zasługuje wreszcie propagandowa, a zwłaszcza wystawiennicza działalność lubelskiego Urzędu Archiwalnego, w której udział polskiego personelu Archiwum Państwowego był obowiązkowy. Spektakularnym wydarzeniem miały być zwłaszcza obchody 600-lecia „niemieckiego” Lublina w 1942 r. Planowane na dwa dni, z udziałem gubernatora Franka, filharmonii drezdeńskiej, orkiestry SS i niemieckiego teatru, zostały w ostatniej chwili odwołane z powodu sytuacji na froncie. Skończyło się na otwarciu wystawy „Lubelscy Niemcy na przestrzeni sześciu stuleci”, wydaniu specjalnej broszury Lublin 1342-1942 i odsłonięciu na Bramie Krakowskiej pamiątkowej tablicy. Nawiązywała ona w treści do sprzedaży wójtostwa lubelskiego Franczkowi z Moguncji i „odzyskania” miasta „niemieckim mieczem” pod wodzą Adolfa Hitlera. Oprócz tego ukazało się kilka okolicznościowych artykułów.
W połowie stycznia 1944 roku, w celu zabezpieczenia przed zbliżającym się frontem, szef Zarządu Archiwów GG dr Erich Randt zarządził ewakuację wszystkich ważniejszych archiwaliów. Z Lublina wywieziono w lipcu 1944 r. wybrane materiały dotyczące Deutschtum, dokumenty pergaminowe, księgi ziemskie i grodzkie oraz miejskie lubelskie, najpierw do Archiwum w Krakowie, a później do klasztoru Benedyktynów w Tyńcu pod Krakowem i Piotrkowa Trybunalskiego. Po wojnie archiwalia sprowadzono z powrotem do Lublina.
Archiwiści polscy powierzone im obowiązki wykonywali – jak donosili ich niemieccy przełożeni w sprawozdaniach wysyłanych do Krakowa – „starannie i sumiennie”, toteż „chcąc czy nie chcąc, wnieśli swój mały wkład w dzieło niemieckiej »pracy twórczej« w GG” – pisze Stefan Lehr, autor pracy o niemieckich archiwistach w GG – „Nie czynili tego ani z własnej woli, ani gorliwie. Ponadto czuli się odpowiedzialni za polskie archiwalia, które chcieli chronić przed zawłaszczeniem ich przez Niemców”. Z drugiej strony angażowali się w działalność konspiracyjną, jak np. Adamczyk (oficer dyspozycyjny Komendy IV Okręgu Batalionów Chłopskich Lublin), „brakowali” akta obciążające polskich przedwojennych działaczy politycznych (według przekazu ustnego prof. M. Zakrzewskiej-Dubasowej), czy udostępniali potajemnie akta polskim badaczom (Białkowski).
Józef Kus