Archiwum Ordynacji Zamojskiej jest niewątpliwie najcenniejszym zespołem archiwalnym prywatnej proweniencji w lubelskim Archiwum Państwowym i jednym z największych, najcenniejszych i dobrze zachowanych archiwów rodowych w Polsce. Rodzina, która je zgromadziła, przez kilka wieków należała do najściślejszej elity władzy i majątku w Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Ordynacja Zamojska, kompleks dóbr dziedziczonych zgodnie z zasadą majoratu i niepodzielności, powstała na mocy konstytucji sejmowej z 1589 r. na prośbę hetmana Jana Zamoyskiego. W 1605 r. Ordynacja obejmowała 371 tys. ha, 6 miast i 149 wsi położonych w powiatach urzędowskim, grabowieckim, krasnostawskim i w ziemi przemyskiej. W końcu XVIII w., na tej samej mniej więcej powierzchni, było 10 miast oraz 222 wsi i osad. Zamoyscy często piastowali najwyższe w Koronie godności i urzędy świeckie. Byli kanclerzami, hetmanami i marszałkami Trybunału Koronnego, wojewodami i starostami. Ordynacja Zamojska była jednym z największych w skali całej Rzeczypospolitej latyfundiów magnackich. Była uważana, jak one, za rodzaj „państwa w państwie”. Należała jednocześnie do najlepiej zorganizowanych pod względem ustrojowym, administracyjnym i gospodarczym.
Ordynację Zamojską wyróżniały pewne charakterystyczne cechy ustrojowe, nie zawsze obecne w innych „państwach” magnackich. Stolicą Ordynacji stał się Zamość, w którym, na mocy bulli Klemensa VIII, założono kolegiatę i kapitułę, co czyniło miasto ważnym ośrodkiem życia religijnego. Kolegiatę ordynaci przekształcili w rodowe mauzoleum. Powołano do życia Akademię Zamojską – drugi obok krakowskiego uniwersytet w Rzeczypospolitej. Autonomiczny charakter miało sądownictwo w Ordynacji. Sądami niższych instancji były tu sądy miejskie, wiejskie, prawa ormiańskiego. Instancję odwoławczą od wyroków prawa niemieckiego wszystkich miast i wsi ordynackich stanowił Trybunał Zamojski dla Miast. Rozstrzygał także odwołania od sądu ormiańskiego i Sądu Komisarskiego Zamku Zamojskiego. Najwyżej w hierarchii sądownictwa Ordynacji stał Sąd Ultimae Instantiae Zamku Zamojskiego, w którym uczestniczył sam ordynat. Sprawował on funkcje odwoławczo-kontrolne w stosunku do sądownictwa całej ordynacji. Wspomnieć również należy, iż był Zamość jedną z najpotężniejszych twierdz w Rzeczypospolitej, czego dowodzą nieudane próby jej zdobycia przez Kozaków w 1648 r. i Szwedów w 1656 r.
Ordynacja Zamojska dotrwała w swej pierwotnej formie ustrojowej do końca Rzeczypospolitej. Po I rozbiorze Polski Ordynację i jej zmieniony statut zatwierdził cesarz Józef II w 1786 r., obejmując również dobra, które znalazły się pod zaborem rosyjskim. Przyłączenie jej do Księstwa Warszawskiego w 1809 r., a następnie Królestwa Polskiego rozpoczęło proces jej administracyjnej degradacji. Od tego czasu, choć otrzymała jak inne ordynacj, specjalny status, była już tylko prywatną posiadłością ziemską. W 1821 r. XII ordynat, Stanisław Kostka Zamoyski, zamienił miasto-twierdzę Zamość na dobra położone w województwach mazowieckim i podlaskim. Zamość stał się własnością rządu. Przetrwała Ordynacja ponad 350 lat, jej likwidacja nastąpiła na skutek realizacji Dekretu PKWN o reformie rolnej z 6 IX 1944 r. i przejęciu kompleksów leśnych z 12 XII 1944 r. Od roku założenia kierowało nią kolejno szesnastu ordynatów. Wszyscy dbali o jej rozwój gospodarczy.
Zgodnie z postanowieniami statutu Ordynacji do obowiązków ordynatów należało m.in. utrzymywanie archiwum. Od czasów Jana Zamoyskiego archiwum obejmowało zarówno typowe akta majątkowo-prawne, administracyjno-gospodarcze, osobiste, jak i akta publiczne zgromadzone w wyniku działalności politycznej przedstawicieli rodziny. Początkowo zbiory w całości przechowywane były w Zamościu, wraz z utworzeniem w 1815 r. Biblioteki Ordynacji Zamojskiej (BOZ) uległy one podziałowi. Część historyczna, o charakterze w znacznym stopniu publicznym włączona została do zbiorów BOZ i przetransportowana do Warszawy, gdzie była przechowywana w Pałacu Błękitnym (dzisiaj w Archiwum Głównym Akt Dawnych), część zaś majątkowa znalazła schronienie w Zwierzyńcu, nowej siedzibie Ordynacji. Pominę tutaj jego dzieje i kolejne zmiany w układzie akt oraz kolejne inwentaryzacje. Po raz ostatni uporządkowano i zinwentaryzowano zasób całego archiwum zwierzynieckiego w latach 1904-1906. Opracowany wówczas Wykaz dokumentów i akt, znajdujących się w Archiwum przy Zarządzie Głównym Ordynacji Zamojskiej do niedawna stanowił podstawową pomoc archiwalną dla akt do 1906 r. Dla akt późniejszych i sprzed 1906 r., których nie objął Wykaz, opracowano inwentarz w Archiwum po przejęciu akt w 1946 r. Obecnie zastępuje go nowy w elektronicznym systemie ZoSIA. Archiwum Ordynacji Zamojskiej ze Zwierzyńca liczy 32 506 j.inw., w tym 2511 j.inw. map i planów, obejmujących ok. 517 mb., część akt pozostaje jednak bez ewidencji. Z racji tego, że ordynaci przywiązywali dużą wagę do zabezpieczenia materiałów archiwalnych rodzinnych i związanych z administracją dóbr i gospodarką, ocalały one niemal w całości i stanowią wyjątkowo cenny materiał źródłowy.
Zawartość archiwum została pogrupowana stuleciami. Akta z XVI w., [1581]1589-1591; Akta z XVII w., 1600-1699; Akta z XVIII w., 1700-1798[1808]; Akta z XIX w., 1808-1898; Akta z XX w., 1900-1944; Plany, 1786-1941. Akta z XVI w. zawierają: rejestry gumien i urodzajów w folwarkach klucza zamojskiego, inwentarze gruntowe klucza turobińskiego, zamojskiego i miasta Tarnogrodu. Całość dóbr Ordynacji w tym okresie obejmuje Rejestr folwarków i wsi dziedzicznych, obszarów i ról pustych…, spisany w 1591 r.
Dokumenty z XVII-go wieku dzielą się na dwa działy, tj. Inwentarze zawierające opisanie budowli i niw wraz z powinnościami włościan i Różne. Dokumenty z XVIII-tego wieku podzielono na: tyczące się folwarków, wsi, miast, powierzchni gruntów, powinności włościan i podatków, tyczące się rachunkowości, tyczące się administracji, tyczące się różnych spraw i interesów, tyczące się lasów, tyczące się pszczelnictwa. Znajdują się tu inwentarze gruntowe kluczy dóbr, wsi, miast, lustracje dóbr (np. Inwentarz dóbr Ordynacji Zamojskiej w Królestwie Galicji, Lodomerii i w Polsce zostających, sporządzony w 1783 r. w formie tabeli), opisy granic, materiały rachunkowe, sprawy administracji, lasów, pszczelarstwa i bartnictwa, tabele pańszczyzny, ordynarii.
Bardziej szczegółowo usystematyzowane są akta z kolejnych stuleci. I tak w XIX w. dzielą się na: materiały administracyjne, rozporządzenia ordynatów i ich pełnomocników, relacje ekonoma generalnego, inwentarze gruntowe, tabele prestacyjne, likwidacyjne i nadawcze, statystyczne, sprawy wynagrodzenia pracowników; następnie akta dotyczące: oficjalistów, służby ordynackiej, rzemieślników, miast, gmin, kościołów, zakonów, służby zdrowia, aptek, szpitali, przytułków, zakładów przemysłowych, lasów, stawów, rybołówstwa, rzek, dróg, mostów, kolei, poczty, podatków i danin, pomiarów folwarków i wsi, utrzymania wojska, kontrybucji, pałacu i ogrodu w Klemensowie, archiwum i biblioteki.
Podobny podział mamy dla akt XX-wiecznych: rozporządzenia i okólniki, instrukcje, akta dotyczące: regulacji i pomiarów dóbr, regulacji hipotek, parcelacji gruntów, serwitutów, reformy rolnej, strat i szkód wojennych, pałacu i ogrodu w Klemensowie, zakładów przemysłowych, lasów, dróg, rzek i mostów, kościołów, szkół i ochronek, służby zdrowia, podatków i danin, oficjalistów i służby ordynackiej, organizacji i stowarzyszeń (Polska Macierz Szkolna, Liga Morska i Kolonialna, Towarzystwo „Sokół”).
Osobno zinwentaryzowane są akta z byłej Biblioteki Ordynacji Zamojskiej, przekazane w latach 1953-1960 przez AGAD, które otrzymały układ topograficzno-alfabetyczny. Oddzielną część zespołu tworzą również materiały kartograficzne, uporządkowane na nowo w Archiwum (posiadają drukowany Inwentarz materiałów kartograficznych Archiwum Ordynacji Zamojskiej ze Zwierzyńca 1786-1941 autorstwa Anny Pawłowskiej-Wielgus). Uszeregowano je w siedmiu grupach rzeczowych, w których mapy ogólne dóbr spisano chronologicznie, plany miast i dóbr ułożono w porządku topograficzno-alfabetycznym, plany zakładów przemysłowych, komunikacyjne oraz dotyczące gospodarki wodnej w układzie alfabetyczno-chronologicznym, wreszcie plany posiadłości kościelnych i innych, analogicznie jak plany miast.
Archiwum Ordynacji Zamojskiej ze Zwierzyńca stanowiło bazę źródłową wielu prac. Najwięcej uwagi poświęcano (co oczywiste) funkcjonowaniu gospodarki Ordynacji (gospodarka folwarczna, gospodarka leśna, hodowla owiec, rzemiosło, handel, powstawanie i rozwój miast, przemysł), poza tym: jej dziejom, sądownictwu, szlachcie lennej, ludności wiejskiej, Żydom, Ormianom, kolonizacji niemieckiej, miejscu Ordynacji w kształtowaniu odrębności regionalnej Zamojszczyzny, czy wpływowi na użytkowanie gruntów, stanowi środowiska naturalnego i osadnictwu. Wciąż wiele zagadnień i tematów czeka na swoich badaczy.